در پروژه های تحقیقاتی و کاربردی پژوهشکده بیوتکنولوژی صنعتی، شاخص¬هایی مانند ردیابی ارزش آب و تکمیل چرخه¬های فناوری تولیدات کشاورزی داخل کشور و ایجاد ارزش افزوده در آن¬ها به کمک بیوتکنولوژی در راستای ایفای نقش در ماموریت¬های ویژه پژوهشی محول شده از سوی نهادهای حاکمیتی، و پرداخت به مسائل صنعت با همگرایی پژوهشی تخصص¬های بین رشته ای وجود دارد. این پژوهشکده آماده همکاری با صنایع، دانشگاه ها، موسسات پژوهشی و سایر تیم¬های پژوهشی می¬باشد.